MobileDesk prevede le stesse regole di default client e navigazione sul file system delle rispettive controparti.

Rispetto a iDesk, nello sfogliare il file system locale i suddetti client non aprono una finestra di sfoglia file integrata ai rispettivi sistemi operativi, bensì una finestra Passepartout con funzioni analoghe a quelle previste sul server, eccetto la funzione Drive [F6] che non risulta attiva (MobileDesk la utilizza solo lato server Windows).

Quando l’elenco file system si apre di default sul client, non risulta possibile passare al file system del server da quella stessa finestra eccetto che in presenza di directory consentite tramite pulsante F7. Negli altri casi, occorre uscire dalla finestra e digitare manualmente un simbolo o percorso che identifichi il file system del server, premere F3 ed, a quel punto, si può sfogliare il file system del server.